Ústředním bodem systému je API Proxy, což je webový proxy server, který zprostředkovává veškeré HTTP požadavky všech projektů a směruje je na služby, které jsou schopny požadavek odbavit. API proxy zajišťuje část technických služeb, jako např. autentizaci nebo autorizaci. Před API Proxy je předřazena reverzní proxy cache a CDN síť. Tyto prvky podporují výkonnost webových aplikací a částečně chrání před útoky typu DOS.
Projekt vytvářený v magnetpro2 je koncipován jako webový server (REST API server), který odbavuje část specifickou pro projekt. Tyto (virtuální) servery s API Proxy komunikují pomocí HTTP protokolu, z čehož valná většina komunikace probíhá přes REST API. REST API server poskytuje projektově-specifické služby, které využívá klientská část aplikace (Javascriptový klient). Každý projekt má vlastní sadu databází, která je fyzicky oddělena od ostatních projektů. Přestože REST API server nenavrací HTML stránky, využíváme pro implementaci služeb moderní architektonický koncept MVC/MVP: jsou zachovány modely, view je nahrazeno JSON rozhraním a controllerem je implementace služby.
API Proxy dále komunikuje se službou Headless Browser, která na požadavek vyrenderuje obsah Javascriptem vygenerované stránky (v single page aplikaci jsou všechny stránky generovány Javascriptem) a navrátí její obsah v HTML. Tento obsah je pak velmi důležitý pro vyhledávače, které jej zaindexují.
S externími webovými službami komunikuje nejčastěji API Proxy, v některých případech REST API server projektu. Komunikace probíhá pomocí zvláštních konektorů, které přizpůsobují rozhraní externí služby architektuře magnetpro2.
